L'art. 5, lettera e) della legge n. 30/2003 afferma che l'atto di certificazione ha "piena forza di legge": ciò significa che esso dispiega i propri effetti sia nei confronti degli Enti previdenziali che anche verso i terzi. Gli effetti della certificazione (circ. ministeriale n. 48 del 15 dicembre 2004), decorrono a far data dalla sottoscrizione del provvedimento di certificazione da parte dei membri di diritto della Commissione. L'art. 79 del D.Lgs. 276 /2003 precisa che la sua efficacia rimane fino al momento in cui sia stato accolto, con sentenza di merito, uno dei ricorsi giurisdizionali esperibili, ad eccezione dei provvedimenti cautelari. Ciò significa che, fino a quando non risulta emessa una sentenza di merito di condanna, la certificazione rende temporaneamente inefficace qualsiasi atto che presupponga una qualificazione del contratto diversa da quella certificata. Si ha quindi la c.d. inversione dell'onere della prova: spetta ai terzi (e fra questi anche agli organi di vigilanza) dimostrare eventualmente in giudizio che tale rapporto di lavoro è difforme dal testo certificato.